《百妖谱·京师篇》讲述了一位年轻的捉妖师苏青，在经历多次恶战后，被委派来到繁盛且神秘的京师∴。他遇见各种形态各异的妖怪，有邪恶凶残者也有和善友好者。苏青结识了一群忠实伙伴，共同解决各类妖怪问题，但京师城中隐现不可告人的阴谋。在斗智斗勇之中，他们发现真正幕后黑手竟然是一个隐藏在宫廷内部的巨大秘密势力。为了拯救人间和平，苏青与伙伴们展开最终决战，并成功将阴谋揭露于光明下。完成任务后，苏青决定改变捉妖师命运道路，并宣告要建立一个更加公正对待妖怪的新时代。