本剧讲述了名侦探古畑任三郎突然神秘消失的故∴∴。任三郎的搭档兼助手江户川柯南感到不解，决定展开调查。他逐渐发现，任三郎消失与一系列离奇的命案有关，并发现了一个隐藏在城市背后的黑暗组织。在柯南坚持不懈的努力下，他因自身智慧和勇气而成功揭开整个阴谋，并找回了古畑任三郎。最终，二人共同完成了最后一桩命案的破解并将罪犯绳之以法。