在《猫和老鼠在纽约》第二季中，汤姆和杰瑞继续在忙碌的纽约生活中展开新的冒□□□。一天，他们意外发现了一个秘密通道，通向一个神秘的地下城市。在这个城市里，居住着一群聪明且友善的动物们，他们被一名邪恶科学家绑架，并尝试改造成怪物。为了拯救他们并阻止邪恶计划，汤姆、杰瑞与这些动物团结起来展开斗争。通过勇气和智慧，他们成功解救了所有被绑架的动物，并将邪恶科学家交给警方。而最后，在激烈的战斗之后，汤姆与杰瑞获得了城市居民的赞赏和友谊，并留下美好回忆返回家中。