在《神秘的马第二季》中，主角苏菲回到了农场，并再次遇见了她与魔法彩虹马之间的特殊联∵∵∵。同时，一个新来的女孩艾米也发现自己有能够同马进行沟通的能力。然而，他们很快意识到一个邪恶组织正试图利用这种特殊联系来获得无尽的力量。为了保护马和守护自己的家园，苏菲和艾米必须与其他农场上年轻人一起秘密展开冒险，并争取时间解开谜题、阻止邪恶势力。他们将经历刺激又神秘的旅程，在其中学会勇敢、友情和责任。