《Muv-Luv Alternative第二季》故事继续讲述人类战斗着与外星生物BETA的背景下，主人公秋山澪成为一名优秀机∷∷。他在战场上与小队成员共同努力抵抗BETA的入侵，但危险仍不断接踵而至。同时，他也要面对内心深处的痛苦和挣扎。剧情紧凑、惊险刺激，并通过探索人性、友谊和爱情等主题引发观众共鸣。这部动画将进一步展开角色间的关系和复杂纷争，以及未知世界中新的挑战与考验。