故事发生在一个现代科技高度发达的世∷∷∷。主人公御坂美琴是一位拥有超能力的中学生，她被选为“某科学研究所”的试验品，并获得了操控电磁力量的能力。然而，该实验机构利用她们创造了许多克隆体，使得美琴陷入危险境地。同时，一支神秘恐怖组织出现，并计划摧毁整个城市。为保护家园和自己的未来，美琴决定使用自己超电磁炮来对抗这些威胁。她与其他具备特殊能力的战斗伙伴共同展开一系列激动人心、紧张刺激的战斗与冒险。