本故事以高中生御坂美琴为主□。因某实验的失败，她获得了超能力“电击”，成为世界上最强大的超能力者之一。她加入自称是“幻想深圳市”的人类操纵科学的秘密组织，并与团队一起对抗其他拥有特殊能力的少女。在行动中，美琴遇到了与自己相似但情感冷漠的妹妹、废墟都市和陆续出现的神秘事件。而后她渐渐意识到这背后可能隐藏着更可怕的阴谋。在艰难中，美琴不断突破极限，努力保护同伴和城市免受危险侵袭。然而，在爆炸性冲突和感人时刻交错中，真相逐渐浮出水面——她竟然只是一个无数个复制体中普通存在！