《刀剑神域2》的故事主要围绕着玩家桐人再次进入虚拟现实游戏——ALO（银羽在线）展∴∴。这一次，他的目标是救出被困在游戏中的女友亚丝娜，同时寻找到解放全体玩家的方法。在他探索新领域时，与以前不同的是，他现在需要利用鸟类特长来进行飞行战斗。通过努力和朋友们的支持，桐人与亚丝娜以及众多玩家一起，并肩作战，最终成功打破游戏规则并将所有玩家从陷阱中解救出来。