《机动战士高达SEED》是在一个星球上，由联合国成员负责军事的地方组织“地球联邦”与追求独立的殖民星团“ZAFT”之间展开的战∴∴。主人公基拉·山姆进入地球联邦军，并驾驶特殊机体“自由高达”，与ZAFT的精英部队对抗。然而，在战斗中逐渐发现自己和敌人之间纠缠不清的过去，同时也遭遇到了一系列挑战和考验。他必须解决个人内心困扰并为所爱之人保护这片混乱世界。