第二季的《星球大战：克隆人战争》剧情紧扣发展，战争不断升□□。共和国与分离主义者继续激烈交战，两方都投入了更多的克隆士兵和机器人部队。在这个季度中，重要角色阿纳金·天行者逐渐被黑暗力量所引诱，并且接受了一个变身为达斯·维德的命运。同时，众多关键星球相继沦陷，而正义之师也必须寻找新的联盟来支持他们在这漫长而艰辛的战斗中取得胜利。