在《百妖谱第二季》中，人类和妖怪之间的平衡再次被打∵。传说中最强大的封魔使者苏幽遭到背叛，沉睡数百年后苏醒，决心寻找背叛者报仇。他与一位名为岚雪的少女结为朋友，并暗中追查神秘组织“九天联”。他们逐渐揭开了这个组织与巨型妖兽密切相关的秘密，并发现自己正身陷其中。两人调集了曾是敌对势力的一众强者，将展开一场穿越虚实界、解除诅咒并保卫人类世界和妖怪族群命运的大战。