《间谍教室》讲述了一个神秘的高中班级，他们是特训出来的间∴∴。班主任犬塚光回到学生时代化名栾桐担任创纪录优良单元的负责人，要将学生从普通人培养成顶尖间谍。他们应对各种考验、执行各种任务。同时，暗监察员会随机挑选一名学生作为栾桐恶搞对象，带给栾桐不小困扰。通过紧张刺激的剧情和角色之间的情感纠葛，《间谍教室》揭示了友情、信念与使命在成长过程中的重要性。